Está integrado por el Director del centro, el gerente y las Coordinadoras de Etapa. Constituye la línea ejecutiva o de gobierno. La dirección del centro se apoya en dos apartados bien diferenciados en cuanto a estructura y funciones: ámbito pedagógico-docente y ámbito administrativo. El organigrama establecido se caracteriza por ser integrador y funcional.
Comité Administrativo
Tiene como misión propiciar los mecanismos de una gestión eficaz de los recursos del centro, estableciendo criterios de control administrativo y financiero. Está formado por el Gerente y el equipo de Secretaría. Este organismo somete anualmente a las distintas áreas del centro a una evaluación de funcionamiento de la que se informa al Patronato de la Fundación. Tiene bajo su control los servicios no docentes como comedor, seguridad, archivo y actividades extraordinarias.
Comité Docente
Se responsabiliza de la marcha académica del Colegio. Está integrado por las Coordinadoras de Etapa y por todos los Jefes de Departamento. La metodología de trabajo sigue un modelo participativo y colegiado de gestión. La estructura del Colegio, con un coordinador por nivel, responde a la búsqueda de una mayor agilidad y especialización, habida cuenta de que cada nivel presenta características propias y diferenciadoras.